根据水利部水人教[2002]485号文的批复，水利部于2002年12月13日正式下文,批准在农田灌溉研究所加挂“水利部灌溉试验总站”的牌子。2003年4月8日“水利部灌溉试验总站”在水利部农田灌溉研究所正式挂牌。

    水利部灌溉试验总站初步设立10-12个科研编制，由农田灌溉研究所抽调有关方面的科研骨干组成。

水利部灌溉试验总站的主要职责是：
      负责全国灌溉试验站网业务活动的组织、管理与人员培训，承担全国灌溉试验资料的收集汇总、灌溉农业基础数据年报的编制等工作。